COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-13 17:00:00 8.398804 8.398804 7.037089
2020-10-12 17:00:00 7.743634 7.743634 6.717778
2020-10-11 17:00:00 7.940851 7.940851 6.456215
2020-10-10 17:00:00 7.145265 7.145265 6.184519
2020-10-09 17:00:00 6.901159 6.901159 5.887538
2020-10-08 17:00:00 6.462274 6.462274 5.602810
2020-10-07 17:00:00 4.575367 4.575367 5.292725

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-13 17:00:00 8.133705 10.339943 7.035183
2020-10-12 17:00:00 8.546384 8.546384 6.805619
2020-10-11 17:00:00 5.292096 5.292096 6.470411
2020-10-10 17:00:00 7.148289 7.148289 6.179938
2020-10-09 17:00:00 7.002039 7.002039 5.866760
2020-10-08 17:00:00 5.970149 5.970149 5.511733
2020-10-07 17:00:00 3.940568 3.940568 5.167561

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-13 17:00:00 0.666112 0.666112 1.471713
2020-10-12 17:00:00 8.461538 1.285047 1.504853
2020-10-11 17:00:00 1.351351 1.351351 1.532183
2020-10-10 17:00:00 4.322430 1.635514 1.743614
2020-10-09 17:00:00 2.069614 2.069614 1.801057
2020-10-08 17:00:00 3.666667 3.666667 1.934282
2020-10-07 17:00:00 1.973684 1.973684 2.076291

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-13 17:00:00 1.846412 1.846412 1.843405
2020-10-12 17:00:00 4.315961 4.315961 1.762419
2020-10-11 17:00:00 2.063679 2.063679 1.678435
2020-10-10 17:00:00 2.671906 1.261830 1.606047
2020-10-09 17:00:00 1.947149 1.947149 1.529926
2020-10-08 17:00:00 1.102362 1.102362 1.447917
2020-10-07 17:00:00 0.799600 0.799600 1.374149

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-13 17:00:00 8.879877 8.879877 9.023641
2020-10-12 17:00:00 10.792305 10.792305 9.138971
2020-10-11 17:00:00 7.479617 7.479617 9.084929
2020-10-10 17:00:00 8.053366 8.053366 9.021975
2020-10-09 17:00:00 9.777495 9.777495 8.906503
2020-10-08 17:00:00 9.593207 9.593207 8.687104
2020-10-07 17:00:00 8.858492 8.858492 8.497078

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-13 17:00:00 7.611607 7.611607 5.541534
2020-10-12 17:00:00 8.318934 8.318934 5.465713
2020-10-11 17:00:00 8.283003 8.283003 5.271532
2020-10-10 17:00:00 6.981407 3.518046 5.124472
2020-10-09 17:00:00 5.456702 3.726769 4.856616
2020-10-08 17:00:00 3.242291 3.242291 4.671995
2020-10-07 17:00:00 2.649643 4.235707 4.450472

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-13 17:00:00 3.865717 3.865717 4.377232
2020-10-12 17:00:00 5.694981 5.694981 4.296161
2020-10-11 17:00:00 12.125000 12.125000 4.218900
2020-10-10 17:00:00 6.306306 2.952953 4.135010
2020-10-09 17:00:00 8.984615 3.846154 4.044374
2020-10-08 17:00:00 4.886717 2.621057 3.947959
2020-10-07 17:00:00 3.495146 3.495146 3.834438

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-13 17:00:00 4.715368 3.074355 3.439101
2020-10-12 17:00:00 3.105102 3.105102 3.420276
2020-10-11 17:00:00 3.551259 3.551259 3.395643
2020-10-10 17:00:00 3.572758 3.572758 3.356236
2020-10-09 17:00:00 3.739492 3.739492 3.316452
2020-10-08 17:00:00 3.710978 3.710978 3.289540
2020-10-07 17:00:00 4.111482 4.111482 3.236653

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-13 17:00:00 16.635653 10.954976 10.556520
2020-10-12 17:00:00 25.375171 10.902696 10.582543
2020-10-11 17:00:00 23.436551 10.989678 10.512827
2020-10-10 17:00:00 10.884006 10.884006 10.276675
2020-10-09 17:00:00 12.844037 12.844037 10.048488
2020-10-08 17:00:00 7.480315 7.480315 9.778897
2020-10-07 17:00:00 9.882089 9.882089 9.496331

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-13 17:00:00 9.446340 9.446340 7.058159
2020-10-12 17:00:00 7.310924 7.310924 6.623086
2020-10-11 17:00:00 10.371859 10.371859 6.284488
2020-10-10 17:00:00 7.999439 7.999439 5.920358
2020-10-09 17:00:00 6.003787 6.003787 5.527680
2020-10-08 17:00:00 5.494329 5.494329 5.079019
2020-10-07 17:00:00 3.478726 3.478726 4.666158

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-13 17:00:00 9.172260 9.172260 6.472220
2020-10-12 17:00:00 7.889126 7.889126 6.090554
2020-10-11 17:00:00 7.510431 7.510431 5.900504
2020-10-10 17:00:00 6.559878 6.559878 5.676489
2020-10-09 17:00:00 4.124579 4.124579 5.430328
2020-10-08 17:00:00 5.699482 5.699482 5.167784
2020-10-07 17:00:00 5.511811 5.511811 4.935984

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-13 17:00:00 9.333333 1.619048 1.607842
2020-10-12 17:00:00 1.678657 1.678657 1.517900
2020-10-11 17:00:00 5.944798 1.804671 1.567119
2020-10-10 17:00:00 1.941748 1.941748 1.479317
2020-10-09 17:00:00 1.757188 2.325581 1.420956
2020-10-08 17:00:00 1.263158 1.263158 1.337193
2020-10-07 17:00:00 0.238095 0.238095 1.284840

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-13 17:00:00 7.943925 7.943925 8.583964
2020-10-12 17:00:00 8.823529 8.823529 8.403874
2020-10-11 17:00:00 10.606061 10.606061 8.222740
2020-10-10 17:00:00 9.694415 9.694415 7.862968
2020-10-09 17:00:00 10.855683 10.855683 7.434788
2020-10-08 17:00:00 6.250000 6.250000 6.961754
2020-10-07 17:00:00 6.857855 6.857855 6.484817

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-13 17:00:00 9.427609 9.427609 8.510996
2020-10-12 17:00:00 3.125000 8.843537 8.645409
2020-10-11 17:00:00 7.800000 7.800000 8.488062
2020-10-10 17:00:00 8.417508 8.417508 8.537578
2020-10-09 17:00:00 8.843537 8.843537 8.330448
2020-10-08 17:00:00 8.513709 8.513709 8.246336
2020-10-07 17:00:00 8.163265 8.163265 7.843771

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-13 17:00:00 17.390012 17.390012 11.330144
2020-10-12 17:00:00 9.997798 9.997798 11.269916
2020-10-11 17:00:00 8.178364 8.178364 10.764025
2020-10-10 17:00:00 9.834450 13.826545 10.433067
2020-10-09 17:00:00 12.803321 12.803321 10.124093
2020-10-08 17:00:00 10.599369 10.599369 9.618104
2020-10-07 17:00:00 9.042218 9.042218 9.096443

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-13 17:00:00 4.245283 5.562423 6.328386
2020-10-12 17:00:00 8.143154 4.917006 6.269590
2020-10-11 17:00:00 11.355115 11.355115 6.330656
2020-10-10 17:00:00 5.330243 5.330243 6.223923
2020-10-09 17:00:00 7.126503 7.126503 6.056925
2020-10-08 17:00:00 8.044113 8.044113 5.899002
2020-10-07 17:00:00 6.138428 6.138428 5.680528

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-13 17:00:00 7.343312 7.343312 7.684909
2020-10-12 17:00:00 9.772727 9.772727 7.523315
2020-10-11 17:00:00 10.280374 10.280374 7.392501
2020-10-10 17:00:00 9.436834 9.436834 7.084658
2020-10-09 17:00:00 6.380952 6.380952 6.782073
2020-10-08 17:00:00 7.519242 7.519242 6.534153
2020-10-07 17:00:00 6.004756 6.004756 6.125703

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-13 17:00:00 6.416907 6.416907 6.387713
2020-10-12 17:00:00 12.552654 6.933457 6.151626
2020-10-11 17:00:00 10.694995 10.694995 5.972436
2020-10-10 17:00:00 6.088443 6.088443 5.794308
2020-10-09 17:00:00 5.421126 5.421126 5.576935
2020-10-08 17:00:00 5.389097 5.389097 5.370065
2020-10-07 17:00:00 5.317024 5.317024 5.182987

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-13 17:00:00 8.897127 8.897127 6.646012
2020-10-12 17:00:00 7.470343 7.470343 6.502965
2020-10-11 17:00:00 6.357600 6.357600 6.253781
2020-10-10 17:00:00 6.956080 6.956080 6.003512
2020-10-09 17:00:00 6.617345 6.617345 5.761291
2020-10-08 17:00:00 5.556466 5.556466 5.483835
2020-10-07 17:00:00 4.575263 4.575263 5.190255

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-13 17:00:00 9.791217 9.791217 7.811382
2020-10-12 17:00:00 6.687754 6.687754 7.734903
2020-10-11 17:00:00 7.917889 7.917889 7.581627
2020-10-10 17:00:00 10.185185 10.185185 7.313909
2020-10-09 17:00:00 9.698137 9.698137 7.119839
2020-10-08 17:00:00 -2.341790 6.481481 6.849414
2020-10-07 17:00:00 1.035362 5.252525 6.575964

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-13 17:00:00 18.232044 18.232044 16.557853
2020-10-12 17:00:00 21.333333 21.333333 16.175144
2020-10-11 17:00:00 10.344828 10.344828 15.485060
2020-10-10 17:00:00 28.205128 28.205128 14.582104
2020-10-09 17:00:00 15.789474 15.789474 13.891827
2020-10-08 17:00:00 11.612903 11.612903 12.746370
2020-10-07 17:00:00 9.554140 9.554140 11.655070

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-13 17:00:00 26.766004 26.766004 10.251180
2020-10-12 17:00:00 13.104275 13.104275 9.924236
2020-10-11 17:00:00 9.945504 9.945504 9.330330
2020-10-10 17:00:00 10.222303 10.222303 8.549987
2020-10-09 17:00:00 11.177907 11.177907 7.708727
2020-10-08 17:00:00 7.507645 7.507645 7.085648
2020-10-07 17:00:00 5.360206 5.360206 6.523758

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 8.133705 10.339943 7.035183
Basilicata 0.666112 0.666112 1.471713
Calabria 1.846412 1.846412 1.843405
Campania 8.879877 8.879877 9.023641
Emilia-Romagna 7.611607 7.611607 5.541534
Friuli Venezia Giulia 3.865717 3.865717 4.377232
Lazio 4.715368 3.074355 3.439101
Liguria 16.635653 10.954976 10.556520
Lombardia 9.446340 9.446340 7.058159
Marche 9.172260 9.172260 6.472220
Molise 9.333333 1.619048 1.607842
P.A. Bolzano 7.943925 7.943925 8.583964
P.A. Trento 9.427609 9.427609 8.510996
Piemonte 17.390012 17.390012 11.330144
Puglia 4.245283 5.562423 6.328386
Sardegna 7.343312 7.343312 7.684909
Sicilia 6.416907 6.416907 6.387713
Toscana 8.897127 8.897127 6.646012
Umbria 9.791217 9.791217 7.811382
Valle d'Aosta 18.232044 18.232044 16.557853
Veneto 26.766004 26.766004 10.251180

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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